„Das System“ ist ein Psycho-Thriller, der den Mordfall in einer psychiatrischen Klinik behandelt. Tatverdächtig sind die einzigen fünf Patienten.
Gleichzeitig beginnt die Psychiaterin Maria, das Verhalten der Patienten anzunehmen und bemerkt Veränderungen in ihrer Persönlichkeit. Die Handlung entwickelt sich zu einer unbehaglichen Ungewissheit bei der die Grenzen zwischen Realität und Wahnsinn verschwimmen.
Der Film behandelt auch – in einer stark fiktionalisierten Weise – das Thema der multiplen Persönlichkeitsstörungen und zeigt, wie verschiedene Persönlichkeiten eines Menschen existieren und miteinander harmonieren können.